协会下辖7个分会、一个策划部、一个网站。

民间文学分会：成立于1961年3月，原名苏州市民间文学小组、大众文学分会。主要从事苏州地区的通俗文学、民俗、民间故事、传说、谚语等的搜集、整理、研究、创作和出版。著作有《苏州民间文学集成·故事卷》、《苏州民间故事丛书》、《姑苏民间故事传说》、《苏州民间故事大全》、《苏州民间文艺论文选》、《孟姜女》、《五姑娘》、《常德盛》、《赵宧光传》、《沈寿》等上千部。

民间艺术分会：主要从事团结、组织民间手工艺人举办各种民间艺术品展览、展销、拍卖活动，参与各种室内或广场式民间手工艺演示、民间小吃展销、民间娱乐活动。同时对苏州地区的织绣、雕刻、装饰、文化用品、扇子、玩具、金属工艺等民间传统手工艺术进行搜集、整理、研究和出版。著作有《苏州民间手工艺术》、《苏州刺绣》、《中国传统刺绣》、中国传统雅扇》、《中国传统核雕》、《太湖蚕俗》等。

楹联分会：主要从事苏州地区楹联的搜集、整理、研究、创作和出版，苏州新建桥、廊、坊、厅以及园林名胜内新增楹联，大多为该会会员的作品。著作有《苏州楹联集成》。

谜学分会：主要从事苏州地区谜语文化的搜集、整理、研究和出版，以及谜语创作，每年在市内举办元宵、中秋灯谜等活动。该会拥有一批全国制谜、猜谜高手，在历届全国猜谜活动中获得高名次；还拥有数位全国著名的谜语文化研究学者，著作有《中华谜书集成》丛书（享有“谜库全书”美誉，获“郭龙春谜书奖”）、《中华灯谜鉴赏》（获“郭龙春谜书奖”）。

民间音乐分会：于2006年9月组建，下有一个始建于1929年的“吴平国乐团”。主要从事苏州地区江南丝竹、道教音乐、吴歌、山歌、渔歌、古琴、宣卷、堂名的搜集、整理、研究和演出。

鸟鱼花虫石分会：于2009年1月22日组建。主要从事苏州地区鸟鱼花虫石文化的搜集、整理、研究和出版，以及组织各种展示和比赛。

（镇湖）刺绣研究会：于2011年2月22日组建。主要从事团结、组织苏州刺绣艺人抢救、传承、繁荣、提升“苏绣”文化艺术，开展“苏绣”文化艺术理论学术交流与研究，举办以“苏绣”艺术品为主的展览、展销、演示、拍卖活动。

策划部：负责协会各种大型活动的策划，提供协会主席团决策。

“苏州民间文艺网”：负责对外发布协会各种信息。